Фамилия Черниговских — яркий пример так называемой «географической» фамилии, но с редким окончанием. Вместо привычного -ский/-цкий (Черниговский) здесь стоит окончание -их, типичное для северных и сибирских говоров. Это форма родительного падежа множественного числа: «из дома Черниговских» — то есть происходящих от человека по прозвищу или фамилии Черниговский. Такая модель (на -их/-ых) была особенно распространена в Архангельской, Вологодской, Вятской губерниях, а также среди казачества, где фамилии не склонялись по падежам, а застывали в одной форме.

Основа фамилии — топоним Чернигов (древний город на Десне, центр Черниговского княжества). Прозвище Черниговский давали человеку, который пришёл из этих земель или имел с ними устойчивую связь. В XVI–XVII веках, когда шло активное заселение южных и восточных окраин Русского государства, выходцев из разных городов часто записывали по месту прежнего жительства. Такой способ идентификации был удобен: он сразу указывал на происхождение человека в условиях, когда фамилий у крестьян и служилых людей ещё не было.

Стоит обратить внимание на суффикс -овск- в основе (Чернигов-ск-их). В фамилиях на -их/-ых он встречается реже, чем просто -ск-. Это говорит о том, что первоначально прозвище звучало как Черниговский (с притяжательным значением «относящийся к Чернигову»), а уже затем, в речи, закрепилась форма родительного падежа. То есть перед нами не прямое топонимическое прозвище, а фамилия, образованная от уже существующей фамилии или прозвища на -ский.

В отличие от массовых Черниговских (с окончанием -ий), носители фамилии Черниговских — это, скорее всего, потомки одного конкретного рода, который в какой-то момент обособился на севере или в Сибири. Поскольку фамилия не склоняется и звучит архаично, она хорошо сохраняет память о своих корнях: предки носителя были либо переселенцами из Черниговщины, либо людьми, получившими прозвище по городу, который для их округа был «чужим». Второй вариант — фамилия могла быть дана в духовном сословии: семинаристам часто меняли фамилии по названиям епархий и городов, и Черниговский в этом контексте — один из типичных искусственных вариантов.

Однозначно сказать, кем были предки Черниговских по сословию, без генеалогического исследования сложно. Но сама модель на -их/-ых чаще встречается в крестьянской и мещанской среде, чем в дворянской. Если бы фамилия принадлежала древнему дворянскому роду, она, скорее всего, сохранилась бы в форме Черниговский. Поэтому наиболее вероятная версия — крестьянское или казачье происхождение рода, закрепившегося в северных или сибирских землях.