Фамилия Чернигин восходит к названию города Чернигов, расположенного на Украине. В 1239 голу Чернигов был разрушен монголо-татарами. Возможно, основатель фамилии был уроженцем или жителем Чернигова. Согласно другой гипотезе, фамилия Чернигин образована от прозвища Чернига. В таком случае прозвище могло указывать либо на особенности внешности основателя фамилии (смуглый цвет кожи, черные волосы, темная одежда), либо на его социальное положение (платящий подати, выполняющий повинности). В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Чернига, со временем получил фамилию Чернигин.