Фамилия Чернига образована от прозвища, которое мог получить человек со смуглым цветом кожи, черными волосами или тот, кто носил темную одежду. Следовательно, это прозвище могло указывать и на характер, а также социальное положение основателя рода. Фамилия образована с помощью старославянского суффикса принадлежности –аго (–его/-иго), что свидетельствует о древности фамилии Чернига. Появление конечного «а» вместо «о» объясняется влиянием на графический облик фамилии произносительной нормы русского языка.