Фамилия Чернега образована от прозвища, которое мог получить человек со смуглым цветом кожи, черными волосами или тот, кто носил темную одежду. Фамилия образована с помощью старославянского суффикса принадлежности –аго (–его), что свидетельствует о древности фамилии Чернега. Появление конечного «а» вместо «о» объясняется влиянием на графический облик фамилии произносительной нормы русского языка.