Фамилия Чернегин — одна из тех, где на первый взгляд видится цвет, а на деле — скорее географическая метка. Корень «черн-» очевиден и отсылает к чёрному цвету, но прямое прозвище «Чернега» (от «чёрный») в русской традиции встречается реже, чем, скажем, Черняй или Чернуха. Дело в суффиксе «-ега». Он характерен для северных и северо-западных говоров, особенно для новгородских и псковских земель. Сравните: Вершигора, Бродяга, а в фамилиях — Болонега, Шелега. «Чернега» в таком случае — прозвище человека с тёмными волосами или смуглой кожей, либо того, кто носил чёрную одежду (крестьянин, монах, работник).

Но есть и другая, не менее вероятная версия. Фамилия могла возникнуть от топонима — названия деревни или речки Чернега, Чернеги, Чернегово. Такие названия встречаются в бывших новгородских пятин и в Вологодской области. В этом случае Чернегин — это «выходец из Чернеги» или «сын Чернеги», где второе имя уже не прозвище, а указание на место жительства. Окончание «-ин» в фамилии стандартно указывает на принадлежность: «чей?» — Чернегин, то есть сын или потомок Чернеги.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения на юге России, где цветовые прозвища часто переходили в фамилии на «-енко» (Черненко). Чернегины — это преимущественно северная, возможно, даже архангельская или вологодская история. В переписных книгах XVII века можно найти крестьян с таким прозвищем в Заонежье и на Ваге. Сословно — почти всегда крестьяне или посадские люди. Дворянских родов Чернегиных в гербовниках нет, что тоже косвенно подтверждает «народное» происхождение — от прозвища или названия глухой деревни.