Фамилия Чернегина — женская форма от фамилии Чернегин, которая образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы на твёрдый согласный с помощью суффикса -ин. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на принадлежность отцу (чей сын?), суффикс -ин в этой модели чаще всего означал «чей?» — то есть «сын Чернеги» или «внук Чернеги». Основа здесь — прозвище Чернега.

Прозвище Чернега имеет прозрачную этимологию: от прилагательного «чёрный». В древнерусском языке и говорах суффикс -ега придавал слову оттенок характерности или свойства (сравните: «бродяга», «растяпа»). Так что Чернега — это человек с чёрными волосами, смуглой кожей, либо тот, кто носил чёрную одежду (например, монах или крестьянин, работавший с углём). Вторая, менее очевидная версия связывает прозвище с диалектным словом «чернедь» — так в некоторых регионах называли чернолесье или топкое место; тогда Чернега мог быть жителем такой местности.

Фамилия Чернегин — не самая частая, но и не редкая. Она встречается в центральных областях России, а также на юге (в бывших казачьих землях), где прозвища, связанные с внешностью, давали особенно часто. В отличие от фамилии Чернов (которая образована напрямую от прилагательного «чёрный»), форма через прозвище на -ега — более древняя и не столь «книжная». Она могла возникнуть в крестьянской или посадской среде, где прозвища закреплялись за родом ещё в XV–XVI веках.

Стоит обратить внимание на ударение. В фамилии Чернегина оно, скорее всего, падает на второй слог — Черне́гина, хотя в некоторых говорах возможно и ударение на последний слог. Оба варианта допустимы, но первый — основной для литературной нормы. Таким образом, носительница фамилии Чернегина может с уверенностью сказать, что её предок носил прозвище Чернега — скорее всего, из-за тёмной внешности или тёмного ремесла.