Фамилия Ченегина звучит на русский лад, но её корни могут быть неожиданно связаны с тюркскими или финно-угорскими языками. Основа «ченег» — это искажённое «чинек» или «ченек», что в ряде тюркских наречий означало «ковш», «черпак» или «маленькую посуду». Прозвище Ченега могли дать человеку невысокого роста, щуплому или, наоборот, тому, кто делал или продавал такую утварь. Менее вероятная, но возможная версия — связь с этнонимом «ченеги», так в древнерусских летописях иногда называли печенегов (от тюркского pečenek), хотя в фамилии эта форма сохранилась бы как Ченегин, что указывает на прозвище по национальности.

Фамилия образована по продуктивной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Ченегин, то есть сын или потомок Ченеги. Форма Ченегина — женский вариант, а мужской — Ченегин. Суффикс -ин типичен для фамилий, произошедших от прозвищ или имён на -а/-я, что и подтверждает основа «Ченега». Поскольку фамилия редкая, её география узкая: встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, где исторически смешивались славянские, тюркские и финно-угорские народы.

В отличие от более частых фамилий вроде Ченцов (от «чтец»), Ченегин не имеет отношения к церковной сфере. Его носители в XVIII–XIX веках могли быть крестьянами или однодворцами — потомками служилых людей, охранявших южные рубежи. Сословной элиты среди Ченегиных не зафиксировано, что типично для прозвищных фамилий из бытовой лексики. Правдоподобнее всего считать, что предок нынешних Ченегиных получил прозвище за внешность или ремесло, а не за происхождение от печенегов — последняя гипотеза слишком экзотична для фамилии, не имеющей подтверждения в исторических документах.