Основой фамилии Чернеенко послужило мирское имя Черней. Мирское имя Черней берет начало от прилагательного «черный». Скорее всего, имя Черней относится к охранительным именованиям. Так, нарекая младенца Чернеем, близкие хотели, чтобы все дурное обходило его стороной. Не исключено также, что фамилия Чернеенко образована от прозвища Черней, имеющего ту же этимологию, что и имя. В таком случае, именование Черней отражает особенности внешности его носителя. Так могил назвать смуглого и темноволосого мужчину или того, кто носил темную одежду. В таком случае, прозвище Черней отражает социальный статус человека. Поэтому Чернеенко буквально понималось как «сын Чернея».