Фамилия Чернэ — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, но при этом не вписывается в типичные русские модели. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, а значит, перед нами не искусственная фамилия, данная при крепостном праве, а скорее прозвище, застывшее в документах. Основа — «черн-», отсылающая к цвету (чёрный) или к чему-то тёмному, нечистому. Но какой именно суффикс дал окончание «-э»?

Скорее всего, это румынская или молдавская модель. В румынском языке фамилии часто оканчиваются на -е (Cerne, Negre), и Чернэ — это русифицированная запись такой фамилии через «э» для передачи твёрдого произношения. В Бессарабии и на юге Украины, где веками жили молдаване, подобные фамилии не редкость. Если это так, то предок носителя фамилии мог получить прозвище «Чернэ» (от румынского «черн» — чёрный) за тёмные волосы, смуглую кожу или мрачный нрав. В словаре Б. Унбегауна упоминается, что румынские фамилии на -е при адаптации в русской среде могли писаться с «э» на конце, чтобы избежать путаницы с окончанием женского рода.

Менее вероятная, но допустимая версия — что «-э» это остаток древнерусского указательного местоимения (типа «черн-э» — «тот чёрный»), но такая модель почти не сохранилась в фамилиях. Или же это описка при записи фамилии Чернов, Черных или Чернец — писарь мог записать услышанное на слух «Чернэ» вместо «Чернов». Но тогда фамилия осталась бы единичной, а если она встречается в нескольких семьях, то первая версия правдоподобнее.

Географически фамилия Чернэ тяготеет к юго-западу России и к Молдавии. В центральных областях России её почти нет. Социальный контекст: если это румынское происхождение, то предки могли быть крестьянами, мелкими ремесленниками или казаками. Никакой знати — просто прозвище, ставшее фамилией.