Фамилия Черниго в русском контексте — редкий случай, когда географическое название перешло в фамилию почти без изменений, минуя типичные суффиксы. В основе лежит топоним Чернигов — древний русский город. Но носитель фамилии не обязательно потомок князей или бояр из этих мест: в XVIII–XIX веках фамилию по месту рождения или прежнего жительства часто давали выходцам из Черниговской губернии, особенно переселенцам на юг России и Кубань. Усечённая форма Черниго вместо полного Чернигов или Черниговский — характерная черта южнорусских и украинских говоров, где фамилии на -о нередки (Кияшко, Донцо, Полтаво). В польской ономастике есть похожая модель: фамилия Czernichów, но русская фиксация Черниго почти всегда указывает на малороссийское происхождение.

Словообразовательный механизм здесь прост: основа — название города, окончание -о выполняет функцию фамильного суффикса-универбата, как в фамилиях Росто, Тифлисо, Харько. В документах XIX века можно встретить варианты Чернигов, Черниговский, Черниговцев, но Черниго — более локальная, бытовая форма, которая закрепилась в метрических книгах Черниговской, Полтавской и Харьковской губерний. Унбегаун в «Русских фамилиях» упоминает подобные усечения как характерные для украинского антропонимикона, где топоним часто становился фамилией без дополнительного оформления.

Спорных версий тут немного. Есть гипотеза, что Черниго может быть прозвищем от чернига — «чернильная вода» или «черный цвет», но она слабая: слово чернига в диалектах не зафиксировано в значении прозвища, а связь с городом Черниговом — прямая и очевидная. Встречается фамилия и у потомков однодворцев — служилых людей, которые после заселения южных рубежей получали фамилии по покинутым городам.

Социальный состав носителей разнороден: от крестьян-переселенцев до мещан и духовенства. В архивах Воронежской губернии попадаются Черниго среди государственных крестьян, а в Таврической — среди отставных солдат. Известных носителей с громкой историей нет — фамилия осталась в тени, но её география чётко указывает на миграционные потоки XIX века из Черниговщины на юг и восток.