Фамилия Чернокунец — одна из тех, что выдают прозвище, данное за внешность или род занятий. В её основе лежит сочетание двух корней: «черн-» (от слова «чёрный») и «кун-». Вторая часть сложнее: она восходит к древнерусскому «куна» — так называли куницу, а также денежную единицу в домонгольской Руси, где шкурки куницы служили средством платежа. Таким образом, прозвище Чернокун могло принадлежать человеку с тёмными, «куньими» глазами или волосами, либо же тому, кто промышлял чёрными куницами — редкой разновидностью зверька с тёмным мехом.

Суффикс «-ец» в фамилии Чернокунец указывает на происхождение по месту или по принадлежности к роду. В восточнославянской ономастике «-ец» часто добавляли к основе, означающей прозвище или название местности, чтобы обозначить «сына такого-то» или «выходца оттуда». Сравните: Чернокунец — «сын Чернокуна» или «человек из рода Чернокунов». Такая модель типична для украинских и белорусских фамилий, где суффикс «-ец» встречается чаще, чем в великорусских (ср. Голубец, Ковалец). Это наводит на мысль, что предки носителей фамилии жили на территории современной Украины или Беларуси, возможно, в Полесье или на Черниговщине.

Есть и альтернативная версия, менее популярная, но имеющая право на существование: «куна» могла означать не только куницу, но и скупого, прижимистого человека (от тюркского «кун» — «день» или «раб», но в славянских говорах это значение не закрепилось). Тогда Чернокун — это «чёрный скупец» или, в переносном смысле, «нелюдимый, мрачный человек». Однако эта гипотеза слабее, так как в письменных памятниках XIV–XVI веков прозвища по цвету меха или звериной масти встречаются гораздо чаще, чем по характеру.

Географически фамилия Чернокунец редкая и нечастотная. По данным современных переписей, она сосредоточена в западных областях Украины (Волынь, Ровенщина) и в приграничных районах Беларуси. В России встречается единично, в основном среди потомков переселенцев из Малороссии. Это указывает на то, что фамилия сформировалась в среде крестьян или казаков, а не в дворянских родах — титулованных Чернокунцев в истории не зафиксировано.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить картину. Например, Чернокуров (от «кура» — курица) или Чернобровый — все они образуются по той же модели: цветовая характеристика плюс бытовой объект. Но Чернокунец стоит особняком из-за редкого суффикса и архаичного корня «кун», который в современном языке почти утратил связь с куницей-зверьком. Для носителя фамилии это своего рода лингвистический ключ к прошлому: предок, скорее всего, был охотником или кожевником, имел дело с пушниной, либо просто получил прозвище за смуглую внешность, которую сравнивали с тёмным мехом.