Фамилия Чернокун — одна из тех, что сразу бросаются в глаза своей прозрачной внутренней формой. Она сложена из двух основ: «черн-» (от «черный») и «кун». Если с первой частью всё очевидно — она указывает на цвет, то вторая требует разбора.

Слово «кун» в русских говорах имело несколько значений. Самое вероятное для прозвища — «кун» как устаревшее название куницы (мех, животное). В этом случае Чернокун — человек, связанный с пушниной: либо охотник на куницу, либо торговец, либо тот, кто носил или добывал чёрный (тёмный) куний мех. Второе, более редкое, значение — «кун» как диалектное название хорька или другого мелкого хищника. Третья версия отсылает к тюркским корням: в некоторых тюркских языках «кун» означает «день» или «солнце», и «Чернокун» могло быть переосмыслением более древнего имени со значением «чёрное солнце» или «тёмный день». Однако для русской фамилии, особенно распространённой в южнорусских и украинских землях, версия с куницей выглядит убедительнее.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище Чернокун без дополнительного суффикса перешло в фамилию. Такое возможно, если прозвище закрепилось за человеком как основное именование (Чернокун, сын Чернокуна), а затем стало наследственным. Суффикса -ов или -ин тут нет, что указывает на относительно позднюю фиксацию или на украинское влияние, где бессуффиксные фамилии на согласный встречаются чаще (вроде Коваль, Бондарь).

Фамилия редкая. Встречается в основном у русских и украинцев, с очагами в Курской, Белгородской областях, а также на Кубани. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и казаками — прозвище по занятию (пушной промысел) не привязывало к определённому социальному слою.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Чернокур, Чернокуров) показывает, что вторая часть могла варьироваться: «кур» — петух, дым, а «кун» — куница, что разводит их по разным смысловым гнёздам. Чернокун стоит особняком, и его связь с пушниной — самая прямая и исторически правдоподобная версия.