Фамилия Чернокунь — редкий пример, где прозвище не превратили в притяжательное прилагательное с суффиксами -ов или -ин, а оставили в исходной форме. Такая модель встречается в основном у украинских, белорусских и южнорусских фамилий: она указывает на прямое прозвище, которое закрепилось за родом без изменений. Человек по прозвищу Чернокунь — вот и вся фамилия.

Основа прозвища составная: «черный» и «кунь». Слово «кунь» в древнерусском языке означало куницу, но чаще так называли мех куницы или денежную единицу — куну. В XII–XIV веках куна была ходовой монетой на Руси, а «черные куны» упоминаются в летописях как вид подати или платежа. Возможно, прозвище Чернокунь дали человеку, который занимался сбором или обменом «черных кун» — то есть имел отношение к финансовым или торговым операциям с мехами.

Есть и другая, более бытовая версия. «Чернокунь» могло быть прозвищем по внешности или характеру: темноволосого, смуглого или угрюмого человека сравнивали с черной куницей — зверем осторожным, быстрым и нелюдимым. Такие прозвища по цвету и животному типичны для русской ономастики: Чернобров, Черноморд, Белозер — здесь та же логика, только с конкретным зверем.

Фамилия встречается в основном в Черниговской и Сумской областях Украины, а также в приграничных районах России — Брянской и Курской областях. Это указывает на северскую или древнечерниговскую основу. В документах XVII века в реестрах черниговских казаков попадаются Чернокуненко — сын Чернокуня, что подтверждает украинский след фамилии. В России фамилия могла упроститься или исчезнуть из-за неудобного для склонения окончания, поэтому Чернокунь осталась локальной и малочисленной.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог — Чернокýнь, хотя в говорах возможен вариант Чернóкунь. Спорных версий немного: связывать фамилию с тюркским «кун» (день, солнце) или «кунь» (раб) маловероятно — слишком далеко от русской словообразовательной логики, к тому же нет следов такого заимствования в документах. Самая надёжная версия — прозвище от «черная куница», прямое или переносное.