Фамилия Черноков образована от прозвища Чернок. Оно восходит к прилагательному «черный». Не исключено, что фамилия Черныш образована от прилагательного «черный» в значении «темный, скрытный». Не исключено, что прозвище Чернок представляет собой стяженную форму прозвища Черноок. Соответственно, так могли называть человека с красивыми большими карими глазами. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Чернок, со временем получил фамилию Черноков.