Фамилия Чернокожева — женская форма фамилии Чернокожев, которая образована от прозвища или мирского имени Чернокож. Основа фамилии — цветовая характеристика: «черная кожа». В русской ономастике такие прозвища давали не обязательно из-за цвета кожи в современном расовом понимании. Скорее всего, так называли человека со смуглой, загорелой кожей, либо того, кто работал с сажей, углем или смолой — например, кузнеца, смолокура или кочегара. Прозвище могло быть ироничным или описательным, но без этнического подтекста.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Чернокожев буквально означает «сын (или потомок) Чернокожа». Модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с основой на мягкий согласный (кож — от кожа). Форма Чернокожева — притяжательное прилагательное в женском роде: «жена или дочь Чернокожева». В документах фамилия закрепилась в XIX веке, когда крестьянам и мещанам массово присваивали фамилии по прозвищам предков.

Интересная деталь: в отличие от фамилий Чернокожий или Чернокожин, вариант с суффиксом -ев встречается реже и имеет более архаичную словообразовательную модель. Чернокожев — не от прилагательного «чернокожий», а от существительного «чернокож» (человек с черной кожей). В говорах такое прозвище могло относиться и к человеку в черной одежде — например, монаху или работнику, постоянно носившему черную робу.

Географически фамилия Чернокожев (и Чернокожева) тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где было больше смешанного населения и где прозвища по цвету кожи давали чаще. Встречается также на Украине и в казачьих регионах. В дворянских родословных эта фамилия не отмечена — скорее всего, предки были крестьянами или мещанами. Правописание с буквой «ё» (Чернокожёва) в некоторых документах ошибочно, так как ударение в основе падает на второй слог: Черно́кожев, а не Чернокожёв.