Фамилия Чернокоженко — один из тех случаев, где значение лежит на поверхности, но механизм её возникновения не так очевиден. Основа фамилии — «чернокожий», то есть человек с очень тёмной кожей. В русских говорах это слово могло означать и просто смуглого, загорелого человека, и того, кто занят тяжёлой работой под открытым небом (например, пахаря или кузнеца), и даже представителя южных народов. Прозвище Чернокожий — старое, фиксируется ещё в допетровской Руси.

Главная особенность этой фамилии — её суффикс. Окончание «-енко» типично для украинской ономастики и указывает на происхождение из земель Малороссии, Слобожанщины или южных областей России, куда фамилии с этим суффиксом проникли вместе с миграцией казачества. Чернокоженко — не просто «сын Чернокожего» (как было бы с суффиксом «-ов»), а скорее «потомок Чернокожего» или «маленький Чернокожий» в уменьшительно-ласкательном смысле. Такая модель была особенно распространена в казацкой среде, где прозвища были яркими и описательными.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с топонимом. В Украине встречаются названия населённых пунктов вроде Чернокожино (например, бывший хутор в Харьковской губернии). В таком случае фамилия могла образоваться от названия места жительства: «чернокоженский» → Чернокоженко. Однако для этого варианта нет массовых подтверждений, и прозвищное происхождение выглядит убедительнее.

В дореволюционных списках фамилия встречается редко — это не массовая, а довольно локальная фамилия. Носители, скорее всего, были выходцами из крестьянской или казачьей среды, где прозвища давали по внешности без обидного оттенка. В отличие от фамилии Чернов (от «чёрный»), Чернокоженко прямо указывает на цвет кожи, что делало её «говорящей» и запоминающейся в небольшой общине.