Фамилия Черноев строится по типичной патронимической модели с суффиксом -ев, который присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа — прозвище или мирское имя Черной (в старом написании Чёрной). Суффикс указывает на принадлежность: «сын Черного». Так что Черноев буквально означает «потомок того, кого звали Черным».

Прозвище Черной могло даваться по разным причинам. Самая прямая — за внешность: смуглая кожа, очень тёмные волосы или глаза. В русских деревнях такое прозвище было распространённым и нейтральным, без отрицательного оттенка. Возможен и другой вариант: Черным могли прозвать человека, который постоянно носил тёмную одежду, или того, кто занимался чёрной работой (непопулярным, грязным ремеслом). В некоторых говорах «черной» означало также «зависимый, тяглый крестьянин», в отличие от «белого» (свободного от податей), но это скорее исключение.

Интересно, что в старых документах фамилия могла писаться и как Чернов — разница только в твёрдости конечного согласного в основе: Черн-ой (твёрдый) дал бы Чернов, а Черн-ой (мягкий, с ударением на окончании) — Черноев. Форма Черноев встречается реже и указывает на южнорусские или украинские говоры, где мягкое произношение основы было более характерно. В некоторых регионах фамилию могли записать и как Черняев (от уменьшительного Черняй), но Черноев стоит особняком как более архаичная форма.

По сословному составу носители Черноевых в основном принадлежали к крестьянству и мещанству, особенно в центральных и южных губерниях России. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано — она осталась в народной среде. Встречается она и у осетин, где могла возникнуть независимо, от тюркского или иранского корня со значением «чёрный», но для русской ветви этимология прозрачна и односложна.