Фамилия Чернозипунникова — редкий случай в русской ономастике, где прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений. В ней отчетливо слышится составное слово: «чёрный зипун». Зипун — это крестьянская верхняя одежда из грубого сукна, кафтан без ворота, который носили в южных и центральных губерниях России. «Чёрный зипун» — не просто описание цвета, а, скорее всего, прозвище по одежде: либо человек постоянно ходил в чёрном зипуне (траур, бедность, особая примета), либо так называли казака или крестьянина, который выделялся этим предметом гардероба.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: прозвище Чернозипунник (человек в чёрном зипуне) → притяжательное прилагательное с суффиксом -ов- → фамилия Чернозипунников → женская форма Чернозипунникова. Суффикс -ник в основе прозвища типичен для обозначения человека по характерному предмету или занятию (ср. шубник, кафтанник). Это указывает на то, что прозвище дали не случайно, а как устойчивую бытовую характеристику.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и донским регионам, где зипун был распространённой одеждой, а слово «чернозипунник» могло даже иметь оттенок пренебрежения — так иногда называли бедных казаков или крестьян, не имевших цветной, праздничной одежды. В словарях встречается близкое понятие «чернозипунная вольница» — так в исторических источниках именовали донских казаков, ходивших в походы за добычей (зипунами). Однако прямая связь фамилии с этим термином маловероятна: скорее, прозвище возникло независимо, в быту.

С точки зрения социального статуса, носители фамилии — почти наверняка выходцы из крестьян или однодворцев (южнорусского служилого сословия, близкого к крестьянству). Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Женская форма на -а указывает, что в документах фамилия закрепилась уже в советское время, когда жёны и дочери стали повсеместно получать фамилии мужа/отца с окончанием -а (ранее в крестьянской среде женщину могли записать просто как «Чернозипунникова» без отчества).

В современном русском языке фамилия остаётся редкой. Её носители, вероятно, сосредоточены на юге России — в Ростовской, Волгоградской областях, Краснодарском крае. При желании можно поискать в метрических книгах XIX века по этим регионам — там, скорее всего, и обнаружится первое упоминание.