Фамилия Чернушко — яркий пример того, как прозвище, данное по внешности, закрепилось в роду и обросло характерным украинским суффиксом. Её основа — прилагательное «чёрный» в значении «смуглый, темноволосый, чернобровый». В старину Чернышом, Чернухой или Чернушкой называли человека с очень тёмными волосами или кожей, и это было одним из самых распространённых имён-прозвищ на Руси.

Ключевая особенность фамилии — суффикс -ушк-, за которым следует типично украинский фамильный формант -о. В украинской ономастике суффикс -ушк- (как в фамилиях Гришко, Ивашко, Петрушко) часто выполнял уменьшительно-ласкательную или «сыновью» функцию: Чернушко буквально означает «маленький Чёрный» или «сын Чернуха». Такая модель (основа прозвища + -ушк- + -о) особенно характерна для Левобережной Украины — Черниговщины, Полтавщины, Сумщины. В России же аналогичное прозвище дало бы фамилию Чернушкин.

В отличие от фамилий Чернов или Чернышёв, которые распространены повсеместно, Чернушко остаётся географически привязанной к украинскому этносу. В дореволюционных переписях носители этой фамилии чаще всего записаны как казаки или мещане черниговских и полтавских губерний.

Словообразовательно фамилия прозрачна, и споров среди этимологов не вызывает. Единственный нюанс: в очень редких случаях основой могло стать не прозвище, а мирское имя Чернушка — так в языческие времена называли ребёнка с «обережной» целью, чтобы тёмное имя отпугнуло злых духов. Однако для фамилии Чернушко версия с прозвищем по цвету волос остаётся основной и не требует альтернатив.