Фамилия Чернушков образована от прозвища или мирского имени Чернушка. Основа здесь — прилагательное «чёрный», но не в прямом цветовом значении, а в переносном, характерном для русских прозвищ: «черненький» (смуглый, темноволосый) или «чернявый» (о внешности). Суффикс -ушк- в данном случае уменьшительно-ласкательный, он указывал на молодость или невысокий статус носителя прозвища: Чернушкой могли назвать ребёнка или подростка с тёмными волосами, а также младшего члена семьи. Сама модель на -ов — типичная для русских фамилий второй половины XVI–XVII веков: она превращала прозвище в наследственное имя, отвечая на вопрос «чей?» (сын Чернушки).

Интересно, что в русских говорах у слова «чернушка» был и другой смысл — так называли гриб (подгруздок чёрный или волнушку), а также растение чернушку (нигеллу). В редких случаях прозвище могли дать по роду занятий: например, крестьянину, собиравшему или торговавшему этими грибами. Однако основная версия — антропонимическая, от личного имени-характеристики. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования разбираются как типичные для крестьянской среды: суффикс -ушк- встречается в фамилиях Милушков, Иванушков и других, указывая на прозвище, данное в быту, а не в официальном документе.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России. В переписях XVII–XVIII веков Чернушковы встречаются среди однодворцев и государственных крестьян, особенно на территории нынешних Курской, Орловской и Воронежской областей. Это объяснимо: в чернозёмной полосе прозвище «Чернушка» легко привязывалось и к внешности, и к цвету почвы, хотя последнее — скорее народная этимология, чем реальный источник фамилии. Сословно фамилия оставалась почти исключительно крестьянской: дворянских родов Чернушковых в «Бархатной книге» и гербовниках нет.

Спорных версий немного. Иногда фамилию пытаются связать с рекой Чернушкой (гидронимом) — такие речки есть в бассейне Оки и Дона. Но для образования фамилии с суффиксом -ов от географического названия потребовалась бы форма «Чернушский» (по типу «Волжский»), а не «Чернушков». Поэтому версия с прозвищем остаётся единственной состоятельной. Таким образом, предок современного Чернушкова — скорее всего, смуглый парень или подросток, которого в деревне звали Чернушкой, а его дети уже стали записываться как Чернушковы.