Фамилия Чернушка звучит не совсем обычно для русского уха — это не типичная «патронимическая» фамилия на -ов или -ин, а скорее прозвище, которое закрепилось в неизменном виде. Её основа — прилагательное или существительное «чернушка». В старину так могли называть человека за тёмный цвет волос, смуглую кожу или смуглый цвет лица. Прозвища по внешности — один из древнейших пластов русских фамилий, и Чернушка стоит в одном ряду с Беляком, Рыжовым или Седовым.

Но у слова «чернушка» есть и другое, более конкретное значение. В народе так называли чернушку посевную (Nigella sativa) — пряное растение с чёрными семенами, известное как калинджи или чёрный тмин. Если предок был огородником, торговал пряностями или просто жил в местности, где эта культура была распространена, прозвище могло закрепиться за ним по роду занятий. В говорах «чернушкой» называли также чёрный гриб (груздь) или даже чернильный орешек на дубе — отсюда возможна связь с лесным промыслом или сбором грибов.

Модель образования фамилии — бессуффиксальная, то есть прозвище перешло в фамилию без добавления типичных родовых формантов. Это характерно для украинской и южнорусской традиции, где фамилии в форме существительного (Шевченко, Коваль, Чернушка) фиксировались раньше и чаще, чем на севере. В центральных и северных губерниях такую фамилию могли «дотянуть» до Чернушкина или Чернушкова, но исходный вариант сохранился благодаря тому, что прозвище было очень наглядным и не требовало уточнения.

Интересно, что фамилия Чернушка встречается не только у русских. У белорусов и поляков есть фамилия Czarnuszka (Чарнушка) с тем же корнем, а у евреев-ашкеназов могла появиться как переводная калька с идиша (шварце — «чёрная»). В любом случае, носитель фамилии может быть уверен: его предка прозвали за яркую, запоминающуюся черту — тёмный цвет, будь то внешность, растение или гриб.