Фамилия Чернышкина — женская форма фамилии Чернышкин, и её разбор стоит начать с мужского варианта. Чернышкин — это типичная «притяжательная» фамилия, образованная с помощью суффикса -ин. Этот суффикс в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «Чернышкин», то есть сын, потомок или человек из семьи Чернышки. Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Чернышка.

Само слово «чернышка» в русских говорах имело несколько значений. Чаще всего так называли человека с очень темными волосами или смуглой кожей — уменьшительно-ласкательная форма от «черный». Однако в диалектах слово «чернышка» могло означать и определенный вид грибов (черный груздь, подберезовик), и даже мелкую черную рыбу вроде уклейки. Поэтому предок-носитель прозвища мог быть либо брюнетом, либо грибником, либо рыбаком — контекст утерян, но связь с признаком «черный» очевидна.

Интересная деталь: в отличие от более распространенной фамилии Чернышов (от «черныш»), форма Чернышкин встречается реже и имеет более выраженный «уменьшительный» оттенок. В ономастике это часто указывает на то, что прозвище давалось молодому человеку или ребенку — Чернышка, в отличие от взрослого Черныша. Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, особенно к Курской, Воронежской и Тульской областям, где диалектное слово «чернышка» было в ходу.

Ударение в фамилии, как правило, падает на второй слог: Черны́шкина. В документах XVII–XVIII веков фамилия могла писаться через «о» (Чернышкинъ), что отражает акающее произношение, но в современном написании закрепилась буква «ы».