Фамилия Чернышков образована от прозвища Чернышок. Оно восходит к прилагательному "черный". Оно могло указывать на особенности внешности (черные волосы, смуглая кожа). Одно из первых упоминаний родственной фамилии в письменных источниках относится ко второй половине XVI века: в "Ономастиконе" С.Б. Веселовского записан Чернышев Василий Ширяев, помещик, 1577 г., Коломна. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Чернышок, со временем получил фамилию Чернышков.