Фамилия Чершкуте — редкий пример литовской фамилии в русском контексте. Она не типична для восточнославянской ономастики: окончание -уте выдает в ней женскую форму литовской фамилии с суффиксом -ут- (-ūtė). В Литве такие фамилии образуются от мужских основ и указывают на принадлежность к роду: Чершкуте — дочь или жена человека по фамилии Чершкас (Čerška). Мужская форма оканчивается на -ас, женская — на -уте, -ене или -айте.

Основа чершк- восходит к литовскому слову čerškėti — трещать, хрустеть, издавать резкий звук. Прозвище Чершка мог получить человек с хриплым или скрипучим голосом, либо тот, кто работал с чем-то ломким и шумным — например, с сухими ветками, щепой, глиняной посудой. В литовских говорах čerška также называют сороку или сойку за их трескучий крик, так что прозвище могло быть и птичьим.

С географической точки зрения фамилия Чершкуте почти не встречается за пределами Литвы и пограничных районов Беларуси. В России она единична, и ее носительницы — почти наверняка потомки литовских переселенцев, сохранивших родовую форму. В польских записях XIX века похожие фамилии (Czereszka, Czerśkiewicz) фиксировались на территории бывшего Великого княжества Литовского, что подтверждает западно-балтское происхождение.

Словообразовательная модель здесь простая, но необычная для русского уха: суффикс -ут- в женском роде указывает на дочь, а не на жену (для жены используется -ене). Поэтому Чершкуте — это буквально «дочь Чершки». Если бы фамилия русифицировалась, она могла бы превратиться в Чершков или Чершкин, но этого не произошло — форма сохранила литовский грамматический строй.

Спорных версий у фамилии нет: корень прозрачен, окончание однозначно указывает на балтскую языковую среду. Единственная неясность — точное значение прозвища: звукоподражательное или птичье. Правдоподобнее всего, что оно описывало манеру речи или поведения, поскольку треск и хруст — частые ассоциации для беспокойных или резких людей.