Фамилия Черушников — редкий случай, когда суффикс указывает на географию точнее, чем корень. Модель на -ников характерна для северных и центральных областей России, особенно для Вятки, Пермского края и Архангельской губернии. Такие фамилии образовывали от названия местности или прозвища через притяжательное прилагательное: сначала был Черушник (человек, связанный с чем-то «черушным»), а потом его потомки стали Черушниковы.

Корень вызывает споры. Самая прямая версия — от диалектного слова «черушка». В говорах Русского Севера так называли чернику, иногда — мелкую лесную ягоду вообще. Черушником могли прозвать сборщика ягод, торговца ими или человека, жившего у черничного болота. Вторая гипотеза — связь с «черушить» (чесать, скрести, теребить). В этом случае прозвище Черушник давали неусидчивому, суетливому человеку или тому, кто занимался ручным трудом, требующим постоянного «ковыряния» (например, лудильщику или портному).

Менее вероятна, но любопытна версия о происхождении от тюркского «черуш» (сорт, вид, разряд). Если предок был выходцем из татарской или башкирской среды, прозвище могло указывать на его сословную или профессиональную принадлежность. Но тогда фамилия скорее получила бы окончание -ов или -ев, а не -ников. Поэтому славянская основа — основная.

В писцовых книгах XVII века фамилия не встречается — это говорит о её более позднем оформлении, вероятно, в XVIII–XIX веках, когда крестьянам и мещанам массово присваивали фамилии по прозвищам. Сегодня Черушниковы встречаются рассеянно, без ярко выраженного гнезда, но чаще — в Кировской области и Пермском крае, что подтверждает севернорусский след.