Фамилия Черушникова — женская форма фамилии Черушников, а та, в свою очередь, образована по типичной русской модели: от прозвища или названия ремесла с помощью суффикса -ник, к которому добавили патронимический суффикс -ов. Суффикс -ник в русских фамилиях часто указывает на человека, связанного с определённым предметом или занятием (сапожник, плотник, охотник). В основе фамилии лежит слово «черушник» — тот, кто имеет отношение к «черушке».

Что такое «черушка»? Точное значение утеряно, но есть две основные версии. Первая: диалектное слово, обозначающее какой-то вид посуды, ёмкость (сравните с «черпак», «черпало»). В этом случае Черушников — прозвище мастера, делавшего такую посуду, или торговца ею. Вторая версия связывает фамилию с прилагательным «черный» (через чередование корней чер-/черн-). «Черушка» могла быть прозвищем человека с тёмными волосами или смуглой кожей, либо относиться к чёрному цвету в ремесле (например, чернильная работа). В пользу «посудной» версии говорит продуктивность суффикса -ушк- в названиях предметов быта (кадушка, кружка, плошка). Версия с «черным» менее вероятна: для прозвищ по цвету волос чаще использовали формы «Чернява», «Черныш» или «Чернуха».

Фамилия редкая, сконцентрирована в центральных и северных областях России (Вологодская, Архангельская, Кировская области). Встречается в документах XVIII–XIX веков как крестьянская фамилия, что подтверждается её «ремесленным» суффиксом — такие фамилии обычно возникали в среде посадских людей и крестьян, а не дворян. Фамилия не получила широкого распространения, поэтому носители Черушниковы, скорее всего, происходят из одного локального рода, где прозвище закрепилось за конкретной семьёй. Ударение в фамилии, судя по говорам, падает на второй слог — Черу́шников.