Фамилия Чесебиева — редкая, с яркой региональной привязкой. Её основа и суффикс указывают на происхождение с Северного Кавказа, скорее всего, из адыгской (черкесской) или абазинской языковой среды. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, здесь мы видим суффикс -ев, присоединённый к основе, которая не является славянским крестильным именем. Это типичная модель для фамилий, возникших у народов Кавказа при их интеграции в российскую имперскую административную систему: к местному имени или прозвищу добавляли русский патронимический суффикс.

Корень «Чесебий» (или «Чесебей») — скорее всего, личное имя или прозвище. В адыгской ономастике встречаются имена с элементом «-бий», что восходит к тюркскому «бек» (господин, князь). Первая часть — «Чесе» — может быть вариантом имени Чесебий (Чесэбий), которое, по некоторым данным, означает «живой», «проворный» или восходит к адыгскому «чесэн» (быть быстрым). Возможна и связь с абазинским именем Чесей, Чесейбий. Таким образом, Чесебиев — это буквально «сын (потомок) Чесебия», а фамилия Чесебиева — женская форма от неё, закрепившаяся в документах.

Фамилия почти не встречается за пределами Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. Это не случайно: именно в этих республиках распространены адыгские (кабардинские, черкесские) и абазинские фамилии на -ев. В отличие от центральной России, где фамилии на -ев массово давали по имени отца (Иван — Иванов, Петр — Петров), здесь суффикс «прирастал» к местным именам в XIX веке, во время переписей и закрепления фамилий за горскими обществами.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия сохранила ударение на втором слоге (Чесе́биева), что характерно для кавказских заимствований в русском языке. Если бы это была исконно русская фамилия, ударение, скорее всего, падало бы на суффикс (Чесеби́ева) или на основу (Че́себиева). Эта особенность — дополнительная подсказка для этимолога: фамилия не переосмыслялась в русской среде, а была записана с чужого голоса.

Однокоренных фамилий в русском языке нет. Ближайшие параллели — фамилии Чесеев, Чесей, Чесебий (встречаются у абазин). Это говорит о том, что фамилия образована от довольно редкого имени, не превратившегося в массовое. Носительница фамилии Чесебиева может с большой вероятностью вести род из абазинского или кабардинского села, где в XIX веке жил человек по имени Чесебий (Чесэбий), чьи потомки и получили эту фамилию при оформлении русских метрик.