Фамилия Чистяков — одна из тех, где написание подвело этимологию. Вместо ожидаемого «Чистяков» (от слова «чистый») мы видим «Чичстяков» — с лишней буквой «ч» и сдвоенной «с». Это не два разных корня, а орфографическая опечатка, которая со временем закрепилась в документах. Правильная и исторически верная форма — Чистяков, и именно её мы и разберём.

Основа фамилии — прозвище Чистяк. В русских говорах так называли опрятного, аккуратного человека, который следит за собой и за порядком в доме. В некоторых регионах слово «чистяк» имело и ироничный оттенок: так могли прозвать щеголя или человека, слишком озабоченного внешним видом. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Чистяков буквально значит «сын Чистяка» или «из рода Чистяка».

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: мирское прозвище плюс патронимический суффикс. В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), Чистяков образован от основы на твёрдый согласный — Чистяк. Это одна из самых массовых моделей в центральной России.

Редкая деталь: в некоторых старых переписях встречается вариант Чистяков с одной «с» и без «ч» в середине — Чистяков. Но написание «Чичстяков» могло возникнуть из-за народной этимологии: люди «слышали» в фамилии слово «чич» или «чича» (в северных говорах так называли утку или, реже, маленького ребёнка). Однако основная и доказанная версия — от «чистый». Филолог Б. Унбегаун в своём словаре русских фамилий прямо относит Чистякова к группе «качественных прозвищ», образованных от прилагательных.

Социально фамилия не была закреплена за каким-то одним сословием. Чистяковы встречаются и среди крестьян (особенно в Ярославской и Костромской губерниях), и среди купцов, и среди духовенства. В среде священников прозвище Чистяк могло получить человек с безупречной репутацией, что для церковного служителя было важно.