Фамилия Чикнайкин — один из тех редких случаев, когда словообразовательная модель почти полностью раскрывает историю, но оставляет простор для догадок о прозвище. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чикнайкин — это «сын Чикнайки». В русской ономастике фамилии на -ин чаще всего образовывались от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а или -я. Значит, в основе лежит прозвище Чикнайка.

Корень «чикн-» явно звукоподражательный. Он связан с глаголом «чикнуть» — резко ударить, отсечь, издать короткий звук (например, «чик» ножницами). В русских говорах «чикнуть» могло означать «ударить, стегнуть», а в диалектах Поволжья и Приуралья — «отрезать, отрубить». Чикнайка — это человек, которого прозвали за манеру быстро и резко действовать: возможно, портной, который «чикал» ножницами, или плотник, работающий топором. Вторая часть прозвища, «-айка», характерна для экспрессивных, часто уменьшительных или пренебрежительных форм: бегайка, стрекайка. Чикнайка — «тот, кто чикает», деятель по характерному действию.

География фамилии подсказывает, что искать корни стоит на стыке финно-угорского и русского миров. Фамилия Чикнайкин встречается в Мордовии, Татарстане, Чувашии, а также в Пензенской и Нижегородской областях. Это не случайно. В тюркских языках «чик» (çık) означает «выходи, вылезай», а в марийском «чик» — «колоть, тыкать». Однако звукоподражательная основа «чик» универсальна, и именно русская модель с суффиксом -айка и последующим -ин даёт фамилию. Вероятнее всего, предок Чикнайкиных жил в зоне контакта русских и мордвы или чувашей, где его прозвали за резкие, отрывистые движения или за работу с режущим инструментом.

В написании фамилии стоит обратить внимание на букву «к» после «ч». В некоторых вариантах встречается написание «Чикнакин» (с одной «к»), но нормативная форма — с двумя, так как в основе два корневых элемента: «чик-» и суффикс «-найк-». В дворянских списках и ревизских сказках XIX века фамилия не зафиксирована, что говорит о её крестьянском или мещанском происхождении. Чикнайкины, скорее всего, были государственными крестьянами или мастеровыми — портными, сапожниками, плотниками, которых в быту называли по характерному звуку их работы.