Фамилия Чиковкин — редкий пример того, как прозвище, связанное с птицей, обрастает неожиданными суффиксами. Основа здесь очевидна: «чик» или «чиков» — искажённое или диалектное название чижа, мелкой певчей птицы. В русских говорах «чик» нередко заменяло литературное «чиж», а «чиковый» могло означать «относящийся к чижу» или «похожий на чижа». Но если бы фамилия образовалась стандартно, мы бы получили Чижов или Чиков. Вместо этого мы видим двойной суффикс: -к- и -ин. Это редкая модель, когда к основе на -ов добавляется ещё один патронимический суффикс -ин. Чиковкин буквально значит «сын Чиковки», а Чиковка — это либо уменьшительная форма прозвища Чик (как Чиков вместо Чижов), либо прозвище человека маленького роста или с высоким голосом, которого в шутку называли «чижиком» или «чиковкой».

Двойной суффикс — признак того, что фамилия могла сложиться не в центральных областях, а на периферии, где словообразовательные нормы были менее строгими. Встречаются такие модели в вятских, пермских и сибирских говорах, где переселенцы смешивали разные диалектные черты. Географически Чиковкины — фамилия довольно редкая, сосредоточенная в основном в Поволжье и на Урале. В дореволюционных переписях она фиксируется в Казанской и Вятской губерниях, что подтверждает её происхождение из зоны активного смешения севернорусских и среднерусских говоров.

Есть и другая, менее вероятная версия: основа «чик» могла быть тюркским корнем со значением «потомок» или «род» (ср. татарское «чик» — граница, предел). Но в сочетании с русским суффиксом -ов- это выглядит натяжкой — тюркские фамилии обычно сохраняют свою структуру (Чиков, Чиковский), а не обрастают двойным русским суффиксом. Поэтому основная гипотеза — прозвище от названия птицы, данное либо за внешность (маленький, подвижный), либо за характер (весёлый, певчий). Чиковкин — не «птичья» фамилия в прямом смысле, а прозвищная, где птица стала метафорой человека.