Фамилия Чижовкин — редкий пример, когда один и тот же корень «пропущен» через два разных уменьшительных суффикса. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Чиж, которое давали либо за внешнее сходство с птицей (небольшой рост, подвижность, пение), либо в охранительных целях — чтобы «нечистая сила» позарилась на птаху, а не на ребёнка. Но Чижовкин — это не прямой потомок Чижа. Между Чижом и Чижовкиным стоит промежуточная форма: Чижовка. Так могли называть жену Чижа (по модели «Иванов — Ивановка») или ребёнка, которого ласково звали уменьшительным именем Чижовка (с суффиксом -овк-). От этого второго имени и пошла фамилия: Чижов + к(а) + ин.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Чижовкин, то есть сын Чижовки. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -ка: Петька → Петькин, Мишка → Мишкин. Интересно, что фамилия Чижовкин встречается заметно реже, чем простая Чижов или Чижиков. Она более «длинная», что часто говорит о более позднем закреплении — в XVII–XVIII веках, когда крестьянские фамилии только начинали оформляться, и прозвище давали уже не отцу, а конкретному человеку.

Географически Чижовкины чаще всего встречаются в Поволжье, особенно в Самарской и Саратовской областях. Это может указывать на расселение крестьян из центральных губерний в XVI–XVII веках, когда на волжские земли переселяли «чижов» — людей с прозвищем Чиж. В некоторых говорах «чижом» называли также не только птицу, но и бедного, худого человека, что тоже могло стать основой для прозвища.

Важно не путать Чижовкина с Чижовым. Чижов — фамилия от прямого отчества (сын Чижа), а Чижовкин — от производного имени Чижовка. Это как различие между Петровым и Петькиным: первое — «официальное», второе — «домашнее», внутрисемейное. Поэтому носитель фамилии Чижовкин, скорее всего, происходит не от самого Чижа, а от человека, которого в быту звали ласково Чижовка — либо из-за возраста, либо из-за характера.