Фамилия Чисандин — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все остальные версии. Она явно привязана к одному региону: коми-пермяцкому или северно-русскому ареалу, где фамилии на -ин образуются от прозвищ и слов местных финно-угорских наречий. Суффикс -ин здесь стандартный патронимический (чей сын? — Чисандин), но основа «Чисан» не встречается в общеславянском именослове.

Самая прямая гипотеза выводит фамилию из коми-пермяцкого слова «чис» — «мох, лишайник». Вторая часть могла быть суффиксом или остатком другого слова, но скорее всего «Чисан» — это сложное прозвище. В диалектах коми есть глагол «чисны» (царапать, скрести), а также «чышкыны» (вытирать, обтирать). Если предок получил прозвище по манере работы или внешности, то «Чисан» могло означать «обтирающий», «скребущий» или «мохнатый» (от «чис» — мох). Фонетически форма «Чисандин» — это притяжательное прилагательное: «Чисанов сын», где «Чисан» — личное именование.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими корнями через казанских татар или башкир. В татарском «чис» означает «чистый», «ясный», а аффикс -ан образует имена (ср. Чистан). Если фамилия попала в русскую среду через межэтнические браки или переселение, то Чисандин могло означать «сын Чисана» (чистого, ясного человека). Однако против этой версии говорит типично северный суффикс -ин и отсутствие фамилии в татарских списках.

Фамилия не зафиксирована в дворянских родословных книгах и не встречается в массовых ревизских сказках центральных губерний. Её носители — вероятно, потомки государственных или черносошных крестьян Пермской и Вятской губерний, возможно, коми-пермяков, принявших православие и получивших фамилию по прозвищу. В современных телефонных справочниках Чисандины единичны, что подтверждает локальный и малочисленный характер рода.