Фамилия Чиснаков — редкий случай, когда написание расходится с произношением. Если произнести её вслух, скорее всего, услышишь «Чеснаков» — от слова «чеснок». Но на письме закрепился вариант с буквой «и»: Чиснаков. Это не ошибка, а результат исторического процесса, называемого «аканьем» в написании: в безударной позиции звук [и] стал записываться как «и», хотя по происхождению корень тот же — «чеснок».

Словообразовательная модель здесь прозрачная: основа «Чеснок-/Чиснок-» плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность. Фамилии на -ов чаще всего носили крестьяне и мещане — это самая массовая модель в центральной России. Прозвище Чеснок или Чеснак давали человеку не за любовь к пряной траве, а скорее за характер: едкий, острый на язык, «колючий», как чеснок. В старину прозвища по растениям были распространены, но почти всегда несли метафорический смысл.

Географически фамилия Чиснаков тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где аканье в письме встречалось чаще. Встречается она и в формах Чеснаков, Чесноков — это однокоренные варианты, которые могли возникнуть в одной семье из-за разного написания в документах XIX века. Словари русских фамилий, например работа Б. Унбегауна, относят подобные образования к числу «растительных» прозвищ, но Чиснаков выделяется именно своей орфографической особенностью.

Если искать предков, стоит обратить внимание на переписные книги южных губерний — Тамбовской, Воронежской, Саратовской. Там фамилия могла записываться по-разному, и Чиснаков — один из вариантов, закрепившийся в конкретной ветви рода.