Фамилия Чисона — редкая и неочевидная по происхождению. В русской ономастике она не укладывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на её нерусские корни или нестандартный путь образования.

Скорее всего, основа фамилии — тюркская. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «чис» или «чиш» может означать «рубеж», «межа», «граница» или же «зуб» (в зависимости от диалекта). Суффикс -она в таком случае — это русифицированное окончание, которое прикрепили к основе при адаптации фамилии в русской среде. Подобные модели встречаются у поволжских татар и башкир, чьи фамилии нередко заканчиваются на -а, -я, -ай. Таким образом, Чисона могла означать «принадлежащий к рубежу» или «живущий у межи» — прозвище человека, чей дом стоял на границе земель или владений.

Есть и другая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия могла возникнуть как искажённое «Чесона» — от древнерусского «чес» (чесать, скрести) или от слова «чесон» (род грубой шерстяной ткани). В этом случае прозвище Чесона давали ткачу или человеку, который обрабатывал шерсть. Однако отсутствие твёрдого исторического подтверждения и редкость такой словообразовательной модели в русских фамилиях делают эту версию слабой.

Географически фамилия Чисона встречается в основном в регионах с татарским и башкирским населением — в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. В центральной России она практически не фиксируется. Это дополнительно подтверждает тюркскую версию происхождения.

Социально предки носителей фамилии Чисона, скорее всего, были крестьянами или мещанами из тюркоязычной среды, принявшими православие или сохранившими мусульманские традиции, но получившими фамилию по русскому образцу. В любом случае, это фамилия локальная, не получившая широкого распространения, и каждый её носитель — носитель редкой ономастической загадки.