Фамилия Чистобородова — женская форма мужской фамилии Чистобородов, которая образована от прозвища или нецерковного имени Чистобород. Это составное прозвище, где первая часть — «чистый», а вторая — «борода». В Древней Руси прозвище Чистобород мог получить человек, который тщательно следил за своей бородой, брил её или носил аккуратно подстриженной, что было редкостью в среде, где густая борода считалась признаком мужественности и достоинства. Возможно, прозвище давали в ироничном ключе — тому, кто, наоборот, не имел бороды или имел жидкую растительность на лице.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: основа «чистобород» + суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Чистобородов). Суффикс -ов в данном случае присоединяется к полной основе, а не к усечённой, что характерно для фамилий, образованных от прозвищ с двумя корнями. Окончание -а в женском варианте указывает на то, что носительница — женщина, дочь или жена Чистобородова.

Географически фамилия Чистобородовы встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, где составные прозвища были особенно распространены. В архивах можно найти упоминания крестьян и мещан с такой фамилией, например, в переписных книгах Вологодской или Костромской губерний XIX века. Интересно, что фамилия не имеет отношения к дворянским родам — её носители, скорее всего, были из простонародья, где прозвища давали по внешним приметам или привычкам.

Сравните с однокоренными фамилиями: Чистобровов (чистые брови), Чистоглазов (чистые глаза), Чистоплюев (чисто плюющийся — ироничное прозвище). Все они образованы по одной модели, но Чистобородов выделяется тем, что «борода» — социально значимый атрибут, особенно в допетровской Руси, когда её ношение регламентировалось. После реформ Петра I, когда бритьё бород стало модным среди дворян, прозвище могло приобрести новый оттенок — «чистый» в смысле «бритый», что для консервативной части населения звучало как насмешка.