Фамилия Чистопрудов происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилилия Чистопрудов ведет свое начало от гидронима Чистый пруд (Чистые пруды) - пруд в Москве, ранее у стен Белого города, с XVIII века на Чистопрудном бульваре. В архивных документах упоминания о нем встречаются с XVII века. В те времена он носил название Поганый пруд, поскольку в него сбрасывались отходы располагавшихся неподалеку мясных лавок и боен. Из пруда вытекала река Рачка, протекавшая на юг и впадавшая в реку Москву у Воспитательного дома. В начале XVIII века вошёл в состав московского имения А. Меншикова, был вычищен и с того времени получил название Чистый пруд или Чистые пруды. Таким образом, можно предположить, что основатель рода Чистопрудовых родился и жил недалеко от этого водоема. О точном месте и времени возникновения фамилии Чистопрудов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Чистопрудов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.