Фамилилия Чистопрудов ведет свое начало от гидронима Чистый пруд (Чистые пруды) - пруд в Москве, ранее у стен Белого города, с XVIII века на Чистопрудном бульваре. В архивных документах упоминания о нем встречаются с XVII века. В те времена он носил название Поганый пруд, поскольку в него сбрасывались отходы располагавшихся неподалеку мясных лавок и боен. Из пруда вытекала река Рачка, протекавшая на юг и впадавшая в реку Москву у Воспитательного дома. В начале XVIII века вошёл в состав московского имения А. Меншикова, был вычищен и с того времени получил название Чистый пруд или Чистые пруды. Таким образом, можно предположить, что основатель рода Чистопрудовых родился и жил недалеко от этого водоема.