Фамилия Чивиксина — женская форма мужской фамилии Чивиксин, которая образовалась от прозвища или нецерковного имени Чивикса. В русской ономастике это редкий случай, когда основа фамилии не имеет очевидной параллели в современном литературном языке, и её происхождение приходится восстанавливать по косвенным данным.

Слово «чивикса» могло быть диалектным или профессиональным прозвищем. Наиболее вероятная версия связывает его с глаголом «чивикать» или «чивиликать» — в ряде говоров так называли щебетание, чириканье мелких птиц (синиц, воробьёв). Прозвище Чивикса могли дать человеку невысокому, подвижному, говорливому или, напротив, тому, кто подражал птичьим голосам (например, охотнику-птицелову). Менее убедительна версия о связи с тюркскими корнями: в чувашском языке «чӑвӑк» означает «голова», а «чӑвӑксӑ» — «безголовый», но для фамилии такое значение маловероятно.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чивиксин — «сын Чивиксы» или «из дома Чивиксы». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены. Географически фамилия встречается крайне редко, в основном в Поволжье и на Урале — это подтверждает её диалектное происхождение.

Сословно носители фамилии Чивиксин, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам. В дворянских родословных книгах эта фамилия не зафиксирована. Встречаются единичные упоминания Чивиксиных среди староверов и уральских заводских крестьян, что указывает на возможную связь с ремесленной или горнозаводской средой.