Фамилия Чижинкова — женская форма фамилии Чижинков, и её происхождение заметно сложнее, чем у более очевидных «птичьих» фамилий вроде Чижова или Чижикова. Если бы фамилия была образована напрямую от прозвища Чиж (по птице), мы бы получили Чижов или Чижиков. Форма с суффиксом -инк- (-енк-) указывает на другой путь образования.

Вероятнее всего, в основе фамилии лежит не сама птица, а прозвище Чижинка. В русских говорах суффикс -инк(а) мог придавать слову уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок. Чижинкой могли назвать невысокого, юркого человека, ребёнка с живым нравом или, напротив, того, кто казался слабым и незначительным — «мелким, как чижик». Прозвища с таким суффиксом нередко давали детям или молодым людям, и впоследствии оно закрепилось за их потомками как фамильное имя.

Другая версия, менее вероятная, но возможная: связь с диалектным словом «чижинка» — так в некоторых регионах называли деталь ткацкого станка или особый вид плетения. В этом случае фамилия могла указывать на ремесло предка — ткача или мастера по изготовлению станков. Однако в словарях промысловая лексика с таким корнем фиксируется редко, поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

География фамилии Чижинков (и Чижинкова) тяготеет к южнорусским и центральным областям, а также к Поволжью. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — возможно, в одном или нескольких сёлах, где прозвище дали одной семье, а затем оно распространилось с переселенцами. Примечательно, что ударение в фамилии падает на второй слог: Чижи́нкова, что отличает её от некоторых однокоренных, где ударным был бы первый слог.

Морфологически фамилия строится по продуктивной модели: основа (Чижинк-) + патронимический суффикс -ов-. Первоначально Чижинков означало «сын Чижинки», то есть потомок человека с прозвищем Чижинка. Со временем суффикс утратил буквальное значение и стал фамильным показателем.