Фамилия Чижмотря — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка составное. В ней отчётливо слышны две части: «чиж» и «мотря». Первая часть прозрачна: чиж — мелкая лесная птица, образ которой в народной культуре часто связывали с худобой, несерьёзностью или бедностью («чиж — птица малая»). Вторая часть сложнее: «мотря» — это диалектное или просторечное образование от глагола «мотать». В русских говорах «мотря» означало человека, который мотает, тратит без толку, то есть расточителя, мота. Прозвище «Чиж» + «Мотря» могло получить либо тот, кто, будучи небогатым («чиж»), ведёт себя как транжира («мотря»), либо, наоборот, человек мелкий и суетливый, постоянно «мотающийся» туда-сюда, как чиж с ветки на ветку.

Модель образования фамилии — суффикс -я, типичный для прозвищ, которые затем фамилизировались без дополнительного суффикса (ср. Бродяга, Гуляка). Фамилия Чижмотря — это застывшее прозвище в именительном падеже, что встречается реже, чем фамилии на -ов/-ин. Такая модель характерна для южнорусских и украинских земель, где прозвища часто переходили в фамилии без изменений. В северных и центральных областях России такое прозвище скорее оформили бы как Чижмотрев или Чижмотринов.

С точки зрения словообразования, Чижмотря — это так называемая «говорящая» фамилия, где внутренняя форма прозвища не стёрлась за века. В отличие от многих фамилий, где корень затемнился, здесь мы почти буквально слышим насмешку: «чиж-мотря» — мелкий, но суетливый расточитель. Встречаются единичные случаи бытования фамилии в документах XIX века на территории бывшей Черниговской губернии, что подтверждает её украинско-южнорусские корни. Очевидно, предок носителя фамилии получил это прозвище за особенность характера или поведения — возможно, за несоответствие между скромным достатком и размашистыми тратами.