Фамилия Чижухина — женская форма, мужской вариант — Чижухин. В основе этой фамилии лежит прозвище, и здесь есть небольшая, но интересная загадка для этимолога. Самое очевидное, что приходит на ум — связь с птицей чижом. Однако суффикс -ух- в прозвище Чижуха меняет дело: в русских говорах этот суффикс часто придаёт слову оттенок пренебрежения, увеличительности или просто указывает на человека, чем-то примечательного. Чижухой могли назвать не просто «человека, похожего на чижа» (маленького, юркого, щебечущего), а того, кто держал чижей, ловил их или торговал ими — то есть птицелова. В дореволюционной России ловля певчих птиц была целым промыслом, и такие прозвища давали по роду занятий.

Суффикс -ин в окончании фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Чижухин, то есть сын, потомок Чижухи. Модель образования типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Чижов, Чижиков, Чижаков, — то Чижухин стоит особняком. В фамилиях Чижов и Чижиков основа почти прозрачна (чиж, чижик), а форма Чижуха встречается реже, что делает фамилию более локальной и специфической. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные модели разбираются как «прозвища от названий птиц с экспрессивным суффиксом», что подтверждает версию о неслучайном происхождении.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с диалектным глаголом «чижухать» (в некоторых говорах — стучать, звенеть, издавать резкий звук). В этом случае прозвище могло относиться к шумному, суетливому человеку. Но эта гипотеза слабее, так как глагол малораспространён и не фиксируется в центральных диалектах, где фамилия встречается чаще. Таким образом, Чижухины, скорее всего, ведут род от человека, который был либо птицеловом, либо получил прозвище за сходство с бойкой птицей.