Фамилия Чижухин — редкий случай, когда основа прозвища неочевидна, а суффикс указывает на определённую модель образования, почти забытую в русской ономастике. Это фамилия с суффиксом -ухин, который встречается гораздо реже, чем привычные -ов или -ин. В русских фамилиях суффикс -ух(а) образовывал прозвища от глаголов или прилагательных: «вертуха» (от «вертеться»), «сластуха» (лакомка). В основе Чижух-ин лежит прозвище Чижуха — так могли назвать человека, похожего на чижа: маленького, юркого, подвижного или, по другой версии, любителя петь. Птица чиж в народной культуре ассоциировалась с бойкостью и неугомонностью, поэтому прозвище могло быть не обидным, а метким.

Словообразовательная цепочка проста: Чиж (название птицы) → Чижуха (увеличительно-пренебрежительная или ласкательная форма с суффиксом -ух-) → Чижухин («сын Чижухи»). Фамилии на -ухин типичны для северных и центральных регионов России, особенно для Вологодской, Архангельской, Костромской губерний. Там суффикс -ух(а) в прозвищах был жив до XVII–XVIII веков. Чижухин мог возникнуть и от прозвища, данного по поведению, и от мирского имени Чиж — такие имена от названий птиц давали детям, чтобы обмануть нечистую силу или пожелать лёгкости.

Однако есть и вторая, менее романтичная версия. В некоторых говорах «чижухой» называли не птицу, а растение — чижовник (вид шиповника) или даже болотную траву. Тогда прозвище Чижуха мог получить человек, живший у зарослей этого растения или занимавшийся его сбором. Но эта версия слабее: названия от растений с суффиксом -ух(а) в русских прозвищах встречаются редко, а птичьи прозвища — массовое явление.

В документах фамилия Чижухин фиксируется с XIX века. Известны крестьяне Чижухины из Вятской губернии (Слободской уезд) и мещане из Псковской. Сословного барьера фамилия не имела: её носили и крестьяне, и духовенство (например, в Вологодской епархии в середине XIX века встречается священник Чижухин). По переписи 1897 года, фамилия была редкой — не более нескольких десятков носителей на всю империю. Сегодня Чижухины живут в основном в Кировской области, Пермском крае и в Москве. Фамилия не изменила написания за последние двести лет — вариант «Чижюхин» ошибочен и не встречается в документах.