Фамилия Чижун — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней сразу обращает на себя внимание суффикс -ун, который в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на прозвище, образованное от глагола или имени действия. Если мы возьмём основу «чиж», то перед нами не птица чиж, а скорее диалектное или профессиональное прозвище.

Самая вероятная версия: Чижун — это вариант фамилии Чижов, но с другим словообразовательным суффиксом. В русских говорах «чиж» могло означать не только птицу, но и человека маленького роста, юркого или несерьёзного, либо того, кто разводил или ловил чижей. Суффикс -ун (как в фамилиях Бегун, Говорун, Плясун) придаёт прозвищу оттенок деятеля: Чижун — тот, кто чижеет, то есть занимается чижами, или же человек с характером чижа — вертлявый, подвижный. В отличие от фамилий на -ов, где морфология простая (чей? — Чижа), форма на -ун делает прозвище более индивидуальным и описательным.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с украинским или белорусским корнем «чиж» в значении «чижолый» (тяжёлый), но это сомнительно: фамилия Чижун не характерна для южных регионов. Географически фамилия встречается в основном на северо-западе России, в Псковской и Новгородской областях, а также среди староверов, что указывает на её древнее русское происхождение, а не польское или украинское.

В словарях фамилия не зафиксирована как широко распространённая, поэтому о сословной принадлежности предков говорить сложно. Скорее всего, Чижун — прозвище крестьянина или ремесленника, которое закрепилось в документах XVII–XVIII веков. В написании фамилии возможны варианты: Чижун, Чижунь (с мягким знаком на конце), но форма без мягкого знака — основная и устойчивая.

Таким образом, Чижун — это не «птичья» фамилия в прямом смысле, а прозвище по характеру или занятию, которое со временем стало родовым именем.