Фамилия Чмерковский — редкий случай, когда географическая основа почти наверняка перевешивает прозвищную. Типичный польский суффикс -ский указывает на дворянское или шляхетское происхождение, но не столько на сословие носителя, сколько на связь с местом: такие фамилии обычно давали по названию имения или населённого пункта. Корень «Чмерк-» с большой вероятностью восходит к названию реки Чмерка (польск. Czmierka) или села Чмерки (Czmierki) на востоке Польши, в Подляском воеводстве. В этой местности фамилия Чмерковский встречается до сих пор, хотя и остаётся малочисленной.

Менее вероятная, но лингвистически возможная версия — от прозвища Чмерк, которое могло означать «хмурый», «пасмурный» (ср. польск. chmurny, укр. хмурий, где начальное «ч» — результат диалектного смягчения). В таком случае фамилия описывала бы характер или внешность первого носителя. Однако в польской ономастике модели на -ский почти всегда привязаны к топонимам, а не к личным качествам, поэтому версия с рекой или селом убедительнее.

Словообразовательно фамилия прозрачна: основа Чмерк- + суффикс -ов- (указывающий на принадлежность) + -ский (топонимический суффикс). Буквально: «тот, кто из Чмерков» или «владелец Чмерок». В русском языке фамилия сохранила польское написание с «е» после «ч», что нехарактерно для исконно русских фамилий (ср. Чмерков — более русифицированный вариант).

В дореволюционных источниках Чмерковские изредка фиксируются среди мелкопоместной шляхты западных губерний Российской империи — Гродненской, Виленской, Минской. После разделов Речи Посполитой многие польские шляхтичи переселялись в центральные губернии, теряя сословные привилегии, и фамилия могла «осесть» в среде крестьян или мещан. Сейчас носители Чмерковских встречаются в основном в Беларуси, Польше и на западе Украины; в России фамилия остаётся единичной.