Фамилия Чмора — редкий случай, когда основа слова до сих пор вызывает у носителей языка неприятные ассоциации, хотя к бранной лексике она отношения не имеет. В русских говорах «чмора» — это вовсе не оскорбление, а вполне конкретное явление: так называли сырую, ненастную погоду с мокрым снегом и туманом, а также топкое, вязкое место, болото. Человек, получивший такое прозвище, мог быть угрюмым и неприветливым (по погоде) либо жить на болотистой, сырой земле.

Фамилия образована без суффикса — от прозвища Чмора. Это так называемая «нулевая» модель, характерная для древнейшего пласта русских фамилий: человека называли по его характерной черте или месту жительства, и это слово становилось родовым именем. В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые появились позже как ответ на вопрос «чей ты?», фамилия Чмора закрепилась в той форме, в которой прозвище бытовало в речи.

Стоит различать её с фамилией Чморин, которая образована по другой модели — через притяжательный суффикс -ин. Чмора — это именно «чистая» основа, без добавления фамильного форманта. Такие фамилии чаще встречались в южнорусских и украинских землях, где бессуффиксные прозвища дольше сохранялись в качестве официальных родовых имён.

Версия о связи с украинским «чмир» (шмель) маловероятна: фонетически и семантически «чмора» ближе к севернорусским диалектам, где «чморить» означало «моросить, идти мелкому дождю». Таким образом, предок носителя фамилии Чмора, скорее всего, жил в сырой, болотистой местности или получил прозвище за свой пасмурный нрав — в те времена это было описанием, а не ругательством.