Фамилия Чокнутый звучит настолько необычно, что первая мысль — перед нами прозвище, данное за странное поведение. Однако в русской ономастике всё сложнее: эта фамилия — почти наверняка искусственная, семинарская. В среде духовенства в XVII–XIX веках было принято давать будущим священникам «говорящие» фамилии, часто образованные от церковнославянских или просто редких слов. «Чокнутый» в этом ряду стоит рядом с такими же нарочито необычными, как Блаженный, Трезвый или Оглоблин.

Основа фамилии — причастие «чокнутый» от глагола «чокаться» (ударяться, звенеть). В народной речи слово приобрело переносное значение «тронувшийся, повредившийся умом», но для фамилии это значение, скорее всего, вторично. Первичным могло быть прозвище человека, который постоянно чокался, бил посуду, или же просто насмешливое имя, данное для «отпугивания» нечистой силы — в крестьянской среде такие «отрицательные» прозвища (Дурак, Глупый, Чокнутый) давали детям, чтобы злые духи не позарились на хорошего.

Суффиксальная модель здесь простая: суффикс -т- в причастии, плюс окончание -ый. Фамилия склоняется как прилагательное: Чокнутый, Чокнутого, Чокнутому. В русской традиции такие фамилии встречаются редко и почти всегда имеют искусственное происхождение. Унбегаун в «Русских фамилиях» относит подобные образования к разряду «семинарских», где слово бралось из словаря без оглядки на благозвучие.

Географически фамилия Чокнутый почти не встречается в исторических документах — это не крестьянская и не дворянская фамилия, а скорее книжная, случайная. Если у вас такая фамилия, с высокой вероятностью предки были из духовного сословия, а сама фамилия — результат кабинетной фантазии семинарского наставника, который решил выделить ученика необычным прозванием.