Фамилия Чолушкин образована по продуктивной русской модели с суффиксом -ин, который в данном случае указывает на принадлежность к лицу, названному основой. Основа — «Чолушка». Это слово, скорее всего, является прозвищным именем или уменьшительно-ласкательной формой от имени или прозвища Чолуша. В русской ономастике суффикс -ушк- (Чол-ушк-а) часто придаёт слову оттенок фамильярности или пренебрежения, но в случае прозвищ мог указывать на характерную внешность или манеру поведения.

Корень «чол-» — редкий и спорный. Самая вероятная версия связывает его с диалектным словом «чолый» или «чолка» — в некоторых говорах так называли челку, хохолок или пучок волос. Прозвище Чолушка мог получить человек с необычной прической, сбитыми волосами или с характерной «чёлкой». В других славянских языках есть похожие корни: например, в болгарском «чол» — это пень, колода, что могло быть прозвищем для коренастого, невысокого человека. В русском контексте связь с «чёлкой» выглядит убедительнее, так как в фамилиях часто отражаются бытовые, внешние признаки.

Фамилия редкая и географически не привязана к одному региону — встречается в разрозненных записях по центральной России и Поволжью. В дореволюционных метрических книгах Чолушкины фиксировались в основном среди крестьян и мещан, что типично для фамилий, образованных от прозвищ. Дворянских родов с такой фамилией не известно. Ударение, по аналогии с фамилиями на -ушкин, падает на второй слог: Чолу́шкин.

В написании фамилии возможна путаница с более частыми Чулошкин или Челночкин, но корень «чол-» не связан ни с чулками, ни с челноками. Это самостоятельное образование, сохранившее в основе местное или устаревшее слово. Для потомков Чолушкиных фамилия — редкий маркер, указывающий на то, что предок выделялся среди соседей какой-то приметой, скорее всего внешней.