Фамилия Чомоний — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение, скорее всего, связано с румынским или молдавским языковым влиянием, что сразу отличает её от типичных славянских фамилий на -ов, -ин или -ский. Основа «чомо» может восходить к румынскому слову «ciomag» (дубина, палица) или его диалектным вариантам. В таком случае прозвище Чоман или Чомоний давали человеку крепкого телосложения, либо тому, кто ходил с дубиной — пастуху, сторожу или просто драчуну.

Суффикс -ий здесь необычен. В русской ономастике фамилии на -ий часто встречаются у выходцев из юго-западных регионов (Украина, Беларусь) или у лиц духовного звания, но в данном случае он, вероятно, является румынским патронимическим окончанием, аналогичным русскому -ов. То есть Чомоний — это «сын Чомы» или «потомок Чомы», где Чома — сокращённая форма от румынского имени или прозвища.

Ещё одна версия, менее вероятная, но допустимая: связь с греческим словом «χωμα» (хома, земля) через посредничество тюркских или балканских языков. В этом случае Чомоний мог означать «земляной», «приземистый» или «смуглый, как земля». Однако для этой гипотезы нет надёжных параллелей в фамилиях региона, в то время как румынский след подтверждается географией: фамилия Чомоний встречается в Молдове и на юго-западе Украины, в исторических областях Бессарабии и Буковины.

Социально предки носителя фамилии, скорее всего, были свободными крестьянами или мелкими ремесленниками, а не дворянами. Фамилия не попала в официальные родословные книги Российской империи, что говорит о её «низовом» происхождении. В написании возможны варианты через «а» (Чоманий) или с двойным «н» (Чомонний), но форма Чомоний — самая устойчивая. Искать корни стоит в документах XIX — начала XX века по территории современной Молдовы и Черновицкой области Украины.