Фамилия Чомоев — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Встречается она преимущественно у алтайцев, киргизов и других тюркских народов Сибири и Средней Азии. Это сразу подсказывает, что корень не славянский, а тюркский, и разбирать фамилию по модели «отчество от крестильного имени + -ов» было бы ошибкой.

Скорее всего, основа — мужское имя Чомой или прозвище Чомой. В тюркских языках «чомой» может означать «ныряльщик», «водолаз» или даже «тот, кто ныряет за чем-то». В алтайском и киргизском слово «чомуу» — это «нырять», «окунаться». Имя или прозвище Чомой давали либо человеку, который хорошо плавал и нырял, либо, по более редкой версии, тому, кто занимался добычей чего-то со дна реки — например, ракушек, кореньев или рыбы. Словообразовательная модель простая: к основе Чомой добавили русский патронимический суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Так тюркское имя «обрусело» при записи в документах, став фамилией.

Есть и менее вероятная версия, связывающая «чомой» с монгольским «чом» — «пустыня», «глушь». Но она слабее: во-первых, имя Чомой в значении «пустынный» не зафиксировано в антропонимике, а во-вторых, фамилия распространена в горных и речных районах Алтая, а не в пустынях. Скорее всего, перед нами именно «водное» прозвище.

В русском контексте фамилия Чомоев — результат канцелярской фиксации тюркского имени. Носители её, как правило, потомки алтайцев или киргизов, которые получили фамилию в XIX–XX веках при переписях или вступлении в русское подданство. Суффикс -ев указывает на то, что оформлялась фамилия по русскому образцу: «чей?» — «Чомоев», то есть сын Чомоя. Других вариантов написания (Чомаев, Чомойев) почти не встречается, что говорит о единообразии записи в конкретном регионе.

Таким образом, Чомоев — это фамилия-отчество от тюркского прозвища, связанного с водой и нырянием. Она не имеет отношения к русским дворянским родам или древним московским боярам, но зато хранит память о быте и занятиях предков-сибиряков, для которых река была и дорогой, и кормилицей.