Фамилия Чорноготская — редкий случай, когда географическое прозвище сохранилось в почти неизменном виде, но с неочевидной этимологией. По модели образования это типичная «-ская» фамилия, указывающая на связь с местностью: владельческую или топонимическую. Такие фамилии в XVIII–XIX веках часто получали дворяне по названию своих поместий, а также духовенство — при поступлении в семинарию (искусственные фамилии от названий церквей, сёл или красивых книжных слов).

Корень «Чорногот-» сразу отсылает к двум славянским основам: «чорн-» (чёрный) и «гот-» (от «гота» — нога, либо от этнонима «готы»). Самая правдоподобная версия — что перед нами топоним славянского происхождения, означающий «чёрные ноги» (например, прозвище человека с тёмными ступнями или местность с тёмной, болотистой почвой, где вязнут ноги). В польском и украинском языках «чорногот» могло быть прозвищем крестьянина, работавшего в грязи или торфянике. Менее вероятна, но любопытна гипотеза о связи с «Чёрными готами» — так в средневековых хрониках иногда называли одно из племён готов, осевших в Причерноморье. Однако для фамилии, зафиксированной в Российской империи, такая книжная версия выглядит натянутой: скорее всего, это местное название урочища или хутора.

География фамилии почти не изучена, но по косвенным данным (редкость окончания «-готская», а не «-готова») можно предположить западнорусское или украинско-белорусское происхождение. В метрических книгах XIX века единичные носители встречаются среди мещан и однодворцев южных губерний — там, где польское влияние смешивалось с малороссийским говором. Суффикс «-ская» в этой среде мог появиться не от дворянства, а от прозвища, которое оформили по польской модели (сравните: Чорногот → Чорноготский → Чорноготская).

Если отбросить экзотику про готов, остаётся ясная картина: фамилия образована от прозвища, которое дали либо человеку с грязными, «чёрными» ногами (пахарю, угольщику), либо жителю местности Чёрные Готы (например, болота или оврага). В любом случае, это не переосмысленная иностранная фамилия, а исконно восточнославянское прозвание, которое со временем обросло книжным окончанием.